El Censo por la Paz 2006 fue elaborado por el Ministerio de la Mujer y Desarrollo Social (MIMDES), a través de la Dirección General de Desplazados y Cultura de Paz (DGDCP), por encargo de la Comisión Multisectorial de Alto Nivel (CMAN) que realiza la tarea de Seguimiento de las Acciones y Políticas del Estado en los ámbitos de paz, reparación colectiva y reconciliación nacional en el marco de la aplicación del Plan integral de Reparaciones. El Censo por la paz tuvo como objetivo incorporar a los centros poblados afectados que no fueron registrados en las tres etapas anteriores, con la intención de disponer de un registro más completo y detallado de las poblaciones afectadas y localizadas en el ámbito rural.